安宁中学初中部设置“两室五中心”内部机构,即党务办公室、学校办公室、教学管理中心、教师发展中心、学生发展中心、教学服务中心、科技教育中心,各中心实行分级管理。年级组、教研组机制健全,各部门各年级有效开展学校各项教育教学工作,推动学校高质量发展。